You in here

Sabtu, 10 Desember 2011

JMol

Jmol adalah sebuah web browser applet. 




Ini adalah gambar diam, tetapi Anda bisa mendapatkan tampilan animasi Jmol dengan mengklik  here.

(Applet mungkin memerlukan beberapa detik untuk memuat. Silahkan, Tunggu dan jangan kembali halaman tersebut untuk sementara.)



Jmol adalah open source penampil Java untuk tiga-dimensi struktur kimia, dengan fitur untuk bahan kimia, kristal, bahan dan biomolekul. Fitur termasuk membaca berbagai jenis file dan output dari program kimia kuantum, dan animasi multi-frame file dan modus normal dihitung dari program kuantum.



 


Overview

Jmol ini aplikasi gratis, open source penampilan molekul untuk siswa, pendidik, dan peneliti dalam bidang kimia dan biokimia. Ini adalah cross-platform, yang berjalan pada sistem Windows, Mac OS X, dan Linux / Unix.
  • JmolApplet adalah web browser applet yang dapat diintegrasikan ke dalam halaman web.
  • Aplikasi Jmol adalah aplikasi Java mandiri yang berjalan di desktop.
  • JmolViewer adalah alat pengembangan kit yang dapat diintegrasikan ke dalam aplikasi Java lainnya.



How to cite Jmol


Cara yang disarankan untuk mengutip Jmol adalah:
Jmol: open-source Java penampil untuk struktur kimia dalam 3D. http://www.jmol.org/

Ingatlah untuk selalu menggunakan huruf besar 'J', huruf kecil 'mol' (explanation).

Jika Anda suka, daftar artikel yang menjelaskan Jmol dapat ditemukan di bagian Jmol Literature dari Wiki Jmol.




What Jmol can do

Samples

Lihat Screenshot Gallery (gambar diam) untuk melihat contoh apa yang dapat dilakukan dengan Jmol
dan Demonstration pages untuk melihat tombol dan menu dalam tindakan (applet interaktif).

Features

  • Applet, Aplikasi, dan Sistem Integrasi Komponen.

    • JmolApplet adalah web browser applet yang dapat diintegrasikan ke dalam halaman web. Ini sangat ideal untuk pengembangan berbasis web Courseware dan web diakses dengan database kimia. JmolApplet menyediakan jalur upgrade untuk pengguna Chime plug-in.
    • Aplikasi Jmol adalah aplikasi Java mandiri yang berjalan di desktop.
    • JmolViewer ini dapat diintegrasikan sebagai komponen ke dalam aplikasi Java lainnya. 

  •  Multi-bahasa 
    • Diterjemahkan ke dalam beberapa bahasa: Catalan (ca), Chinese (both zh_CN and zh_TW) Czech (cs), Dutch (nl), Finnish (fi) French (fr), German (de), Hungarian (hu), Indonesian (id), Italian (it), Korean (ko), Malay (ms), Portuguese - Brazil (pt_BR), Spanish (es), Turkish (tr), Ukrainian (uk) (in addition to the native American English, en-US, and British English, en-GB).
    • Otomatis mengadopsi bahasa dari sistem operasi pengguna, jika di antara terjemahan yang tersedia. Anda dapat mengubah ke bahasa lain jika diinginkan.
    • Untuk up-to-date rincian atau petunjuk untuk menambahkan bahasa Anda, lihat the Wiki 
  • Cross-platform
    • Windows
    • Mac OS X 
    • Linux / Unix

  • Mendukung semua web browser utama: Internet Explorer, Mozilla dan Firefox, Safari, Google Chrome, Opera, Konqueror, IceWeasel, ...
  • Kinerja tinggi render 3D yang tidak memerlukan persyaratan hardware
  • Format file (lihat juga bagian file formats dalam Jmol Wiki):


MOLMDL / Elsevier / Symyx structure (classic version V2000)
V3000MDL / Elsevier / Symyx structure (new version V3000)
SDFMDL / Elsevier / Symyx structure (multiple models)
CTFileMDL / Elsevier / Symyx chemical table (generic)
CIFCrystallographic Information File - standard from the International Union of Crystallography
mmCIFMacromolecular Crystallographic Information File - standard from the International Union of Crystallography
CMLChemical Markup Language
PDBProtein Data Bank - Research Collaboratory for Structural Bioinformatics
XYZXYZ format, XMol file - Minnesota Supercomputer Institute
XYZ+vibXYZ format with added vibrational vector information
XYZ-FAHXYZ format for Folding@home
MOL2Sybyl, Tripos
AlchemyTripos
CSFFujitsu CAChe chemical structure, now Fujitsu Sygress
GAMESSGeneral Atomic and Molecular Electronic Structure System output (both US and UK variants) - Gordon Research Group, Iowa State University
GaussianGaussian 94/98/03 output - Gaussian, Inc.
CubeGaussian, Inc.
GhemicalThe Ghemical computational chemistry package
MM1GPGhemical molecular mechanics file
HINHIN / HIV files from HyperChem - Hypercube, Inc.
JaguarSchrodinger, LLC
MOLPROMolpro output
MOPACMOPAC 93/97/2002 output (public domain)
MGFMOPAC 2007 (v.7.101) graphf output (public domain)
NWCHEMNWChem output - Pacific Northwest National Laboratory
odydataOdyssey data - WaveFunction, Inc.
xodydataOdyssey XML data - WaveFunction, Inc.
QOUTQ-Chem, Inc.
SHELXStructural Chemistry Department, University of Göttingen (Germany)
SMOLSpartan data - Wavefunction, Inc.
spinputSpartan data - Wavefunction, Inc.
GROGromos87 format from GROMACS
PQRModified pdb format including charge and radius
AmberThe Amber package of molecular simulation programs
JMEJava Molecular Editor - Peter Ertl
CASTEPThe CASTEP software package, uses density functional theory
FHI-aimsFull-potential / all-electron electronic structure theory with local orbitals - Fritz-Haber-Institut der Max-Planck-Gesellschaft
VASPVASP / VAMP / Vienna ab-initio simulation package
DGridMiroslav Kohout, Max-Planck Institute
ADFADF output - Amsterdam Density Functional
XSDAccelrys Materials Studio
AGLArgusLab
DFTWien2k
AMPACAMPAC output - Semichem, Inc.
WebMOWebMO interface to computational chemistry packages
MoldenElectron density / molecular orbitals
PSI3Output files from the PSI3 suite of quantum chemical programs
CRYSTALOutput files from CRYSTAL, a computational tool for solid state chemistry and physics. Theoretical Chemistry Group, Univ. Torino, Italy.



* Files which are compressed with gzip will automatically be decompressed
  • getaran
  • animasi
  • permukaan
  • orbital
  • Dukungan untuk sel satuan dan operasi simetri
  • Skema bentuk untuk struktur sekunder pada biomolekul
  • pengukuran
  • jarak
  • sudut
  • torsi sudut
  • Dukungan untuk RasMol / berpadu bahasa scripting
  • JavaScript dukungan perpustakaan (Jmol.js)
  • Ekspor ke jpgpnggifppmpdfPOV-RayGaussianMaya,VRMLX3Didtfhalaman web.







sumber: http://jmol.sourceforge.net/

Tidak ada komentar: